Dès le début de notre ère, Pondichéry était un port ayant une vie commerciale active. Ptolémée mentionne dans ses écrits (Le Périple et la Géographie) le port de Poduké, qui représentait Puducherry. Sous la dynastie des Cholas (IXè-XIIIè s.), Puducherry (புதுச்சேரி), qui signifie en tamoul « ville nouvelle », est toujours un port prospère.
Au XVIIè s., les échanges commerciaux (textile, épices) entre l’Europe et Pondichéry, se développent au profit des hollandais, des danois puis des britanniques. En 1673, Sher Khan Lodi, alors gouverneur de la région, pour attirer les navires étrangers, cède le village de pêcheurs, Puducherry, à la Compagnie française des Indes orientales (fondée en 1664 par Colbert). L’année suivante, François Martin y établit une loge(1), construit un fort (le fort barlong), des magasins, et très vite, l’endroit devient prospère. En 1685, il est nommé directeur de la côte de Coromandel et en 1686, Pondichéry devient le 1er comptoir français des Indes.
De 1693 à 1699, l’établissement est pris par les Hollandais. Ces derniers construisent une ville nouvelle, en forme de damier. Quand les français reprennent Pondicherry, ils construisent le fort Louis (1701), entourant l’ancien fort barlong, qui deviendra la citadelle de Pondichery. Puis un canal fut creusé entre la ville blanche et la ville noire. À la mort de François Martin en 1706, des tensions avec les hollandais ralentissent le développement économique de la ville de Pondichéry. En 1726, Pierre-Christophe Lenoir, nommé gouverneur, relance l’activité du comptoir. Puducherry devient le siège des établissements français des Indes. Il cède son poste en 1735, à Benoist Dumas. En 1742, Joseph-François Dupleix devient gouverneur des établissement français de l’Inde à Pondichéry. Dupleix étend l’influence française sur tout le nord-ouest du Deccan. Mais la Compagnie française des Indes Orientales n’approuvent pas le coût financier de ces conquêtes, d’autant que son but est seulement commercial. Dupleix, qui rêvait d’une Inde française est rappelé en France en 1754, remplacé par Godeheu. Ce dernier a pour mission de recentrer la Compagnie sur le commerce. Mais désormais, c’est la suprématie sur les Indes qui opposent français et britanniques. Mal défendue, Pondichéry est prise par les anglais le 16 janvier 1761, et rasée. Entre 1761 et 1765, les anglais font sauter toutes les fortifications et les principaux édifices de la ville.
En 1763, un traité de paix est signé à Paris avec les britanniques. Les français doivent se contenter de cinq comptoirs en Inde: Chandernagor, Karikal, Mahé, Yanaon et Pondichéry, qu’ils reconstruisent sans tarder. Malgré le traité de paix, la ville passera tour à tour aux mains des anglais et des français jusqu’en 1815. Elle restera alors française jusqu’en 1956, date à laquelle Pondichéry est intégrée à l’Union Indienne, deux ans après l’intégration des quatre autres comptoirs.
En Août 1962, les habitants de Pondichéry obtiennent la nationalité indienne. Ils disposent cependant de six mois, pour demander à conserver la nationalité française.
(1) Loges : lieux de commerce français, parfois de simples entrepôts, installés dans des petites localités de l’Inde peu peuplées. La France possédait 12 Loges en Inde occupant au total 4 km² avec 2 000 habitants.